无论是试管婴儿还是自然怀孕婴儿都可能患有遗传代谢疾病，当父母有代谢疾病，如多囊卵巢综合征、高血压、糖尿病等，婴儿患代谢疾病相对较多，一代、第二代试管不能筛查遗传代谢疾病，只有三代试管技术可以筛查胚胎染色体基因，因此，如果父母有遗传代谢病，做三代试管生的宝宝不会患同样的遗传代谢病，除非基因有新的突变。

遗传代谢疾病是体内营养物质利用、吸收和分解的先天性异常疾病。常见的有甲基丙二酸血症、Citrin缺陷病、丙酸血症、各种羧化酶缺陷病、尿素循环异常、苯丙酮尿症等。试管婴儿代谢性疾病如下：

1. 目前，医学界普遍认为辅助生殖技术可能会影响婴儿的体重和新陈代谢。到了一定年龄后，高血压、高脂血症和糖尿病的风险会增加；2. 试管婴儿的代谢性疾病主要与父母自身的代谢性疾病有关，如多囊卵巢综合征、高血压、糖尿病等；. 此外，它可能与辅助生殖技术中的体外操作和宫内不良环境有关。辅助生殖技术需要使用激素人工调节女性卵泡的发育状态和性激素指标。胚胎不可避免地会受到环境激素的干扰，这可能会导致试管婴儿患有代谢性疾病；4. 如果是遗传代谢性疾病，可以找到致病基因，可以做三代试管婴儿避免遗传给宝宝，但是一些新的基因突变引起的代谢疾病还是无法控制的。

事实上，试管婴儿是否有代谢疾病的关键取决于夫妻是否有代谢疾病或携带相同的遗传代谢疾病基因。如果夫妻双方都没有遗传代谢疾病，除了携带相同常染色体的隐性遗传基因外，孩子就不会生病。但很少有夫妻基因正常，没有遗传代谢疾病，但儿童基因的新突变导致代谢疾病，疾病会形成新的遗传代谢疾病。